La nappe de la craie constitue l'aquifère le plus important du bassin parisien. En fonction de la présence de formations peu perméables en couverture (formation résiduelle à silex en Normandie...) où leur absence (Champagne - Ardennes) la nappe de la craie est plus ou moins sensible aux pollutions liées aux activités de surface.
À petite échelle les eaux de pluie s'infiltrent doucement, mais localement, des avens naturels (bétoires) permettent un engouffrement rapide dans l'aquifère d'eau très chargée en particules fines arrachées aux terrains agricoles. Certains ouvrages d'alimentation eau potable qui captent la nappe de la craie sont ainsi confrontés à des problèmes récurrents de turbidité.